O Ministério do Meio Ambiente realizou, entre 1998 e 2000, a primeira "Avaliação e Identificação das Áreas Prioritárias para a Conservação dos Biomas Brasileiros" e dentre os resultados destaca-se o primeiro diagnóstico sobre diversidade biológica marinha e costeira do Brasil realizado no âmbito do Subprojeto Avaliação e Ações Prioritárias para a Conservação da Biodiversidade das Zonas Costeira e Marinha. Tal iniciativa, financiada pelo Projeto de Conservação e Utilização Sustentável da Diversidade Biológica Brasileira - PROBIO culminou com a realização de um workshop, em Porto Seguro, BA, em outubro de 1999, que sistematizou as informações e os resultados alcançados forneceram a base científica necessária para instruir estratégias de uso econômico, implantar novas áreas protegidas e auxiliar estados e municípios na gestão integrada das zonas Costeira e Marinha.
Em setembro de 2005, o processo de revisão/atualização das Áreas e Ações Prioritárias para a Conservação, Utilização Sustentável e Repartição de Benefícios da Biodiversidade da Zona Costeira e Marinha teve como objetivo revisar os resultados do Workshop promovido pelo PROBIO em 1999, a luz dos novos conhecimentos, metodologias e do cenário atual. Para a revisão/atualização dos polígonos da zona costeira e marinha foram realizadas 4 reuniões técnicas e 3 reuniões regionais, sendo que o processo contou com o apoio do IBAMA, da TNC (The Nature Conservancy) e da S.O.S. Mata Atlântica, além de todos os pesquisadores que participaram das reuniões e enviaram seus dados referentes aos alvos de conservação selecionados.
A conclusão do processo se deu em dezembro de 2006, onde o mapa contendo os polígonos finais de todos os biomas foi aprovado pela CONABIO (Comissão Nacional de Biodiversidade) e publicado em Portaria do MMA (Portaria Ministerial No 9, de 23/01/2007, publicada no DOU de 24/01/2007).
Desde de 2014, está sendo realizada a 2ª Revisão das Áreas Prioritárias para a Conservação, Uso Sustentável e Repartição de Benefícios da Biodiversidade da Zona Costeira e Marinha.
Para acessar o relatório de avaliação das Áreas Prioritárias da Zona Costeira e Marinha de 2007 clique aqui :Relatório Avaliação das Áreas Prioritárias
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