No início de 2009, motivado por demanda do Governo Federal, o Governo do Estado do Amapá criou o Grupo de Trabalho responsável pela elaboração do Plano de Prevenção e Controle do Desmatamento no Estado do Amapá (Decreto Estadual número 843, de 06 de março de 2009). Os seguintes órgãos compõem o GT: Secretaria de Estado do Meio Ambiente (SEMA), Secretaria de Estado de Ciência e Tecnologia (SETEC), Secretaria de Estado da Indústria, Comércio e Mineração (SEICOM), Secretaria de Estado do Desenvolvimento Rural (SDR), Agência de Desenvolvimento do Amapá (ADAP), Agência de Defesa e Inspeção Agropecuária (DIAGRO), Instituto de Pesquisas Científicas do Amapá (IEPA), Instituto do Meio Ambiente e Ordenamento Territorial do Amapá(IMAP), Instituto Estadual de Floresta do Amapá (IEF), Instituto de Desenvolvimento Rural do Amapá (RURAP) e Polícia Militar (Batalhão Ambiental). O Decreto atribuiu à SEMA a função de coordenação dos trabalhos do GT.
Ainda em março de 2009, as instituições WWF e GTZ foram convidadas para participar e apoiar a elaboração do PPCDAP. A partir do dia 17 de março de 2009 foram realizadas sucessivas reuniões do GT de forma a colher subsídios de todos os órgãos envolvidos para a elaboração de uma matriz de programas e ações para o PPCDAP.
Em julho de 2009 foram realizadas reuniões em todos os municípios do Estado, visando divulgar a proposta e colher contribuições dos governos locais e representações locais. Com estes insumos, foi elaborada a primeira proposta para o Plano Estadual, tendo sido iniciados os trabalhos para seu detalhamento.
A partir de agosto de 2009, por intermédio da WWF, o governo do Estado passou a contar com a colaboração de um corpo de consultores para a elaboração do diagnóstico e consolidação da proposta preliminar do Plano, para ser submetida à consulta pública.
A partir da realização da consulta pública (dias 21 a 24 de setembro de 2009), as contribuições qualificadas foram incorporadas ao Plano, definindo-se, a partir daí, as metas das principais ações e o orçamento necessário para sua implementação para um período de 3 anos, de 2010 a 2012.