A eficácia e a eficiência do SNUC são limitadas por uma série de problemas. Apesar de a avaliação do ICMBio e do World Wildlife Fund (WWF), encerrada em 2011 e realizada conforme o método RAPPAM (Rapid Assessment and Priorization of Protected Area Management), ter atestado melhorias em relação à situação de 2005, também apontou déficits.
a) A despeito dos vários esforços próprios realizados, as despesas financeiras para gestão efetiva de áreas protegidas continuam aquém da demanda. Segundo estimativas do Ministério do Meio Ambiente – MMA, a atual parte não coberta da demanda por investimentos é de cerca de 1 bilhão de dólares. Essa demanda é pouco amenizada pelas contribuições de doadores internacionais (financiamentos bi- e multilaterais, como o PPG7, diversos co-financiamentos do GEF, entre outros). A maioria das intervenções são, portanto, de cunho mais pontual e muitas vezes envolvem consideráveis custos de transação (inclusive por conta de estruturas de projeto individualizadas). Além disso, segundo MMA, há uma demanda adicional de 500 milhões de dólares anuais para fins administrativos, operacionais e de manutenção das unidades de conservação.
b) A quantidade de pessoal, principalmente a nível local, nas unidades de conservação ainda não é suficiente. Os recursos humanos disponíveis apresentam pouca experiência e formação prática de gestão.
c) Os instrumentos de gestão empregados e a infraestrutura básica disponível são, em muitos casos, insuficientes. Assim, das 310 unidades de conservação, por exemplo, menos do que a metade dispõe de planos de manejo/gestão (em parte até mesmo planos obsoletos). Nos últimos anos, foram elaborados e aprovados, pelo ICMBio, em média 8 planos de manejo/gestão por ano. Nesse ritmo, não é possível prever quando todas as unidades federais de conservação disporão de planos de manejo úteis. A situação não é melhor nos estados. Essa circunstância acarreta consequências significativas, pois planos de manejo/gestão constituem pré-requisito para concessões florestais em florestas nacionais e estaduais (FLONA / FLOTAS para a redução da extração ilegal de madeira), para a autorização do uso sustentável (por exemplo, as chamadas Reservas Extrativistas – RESEX) e também para a abertura de parques a visitantes.
d) A sensibilização e o engajamento de outros setores administrativos, do setor privado e de amplas parcelas populacionais pelas unidades de conservação é reduzida. Poucos brasileiros conhecem unidades de conservação e sabem que significado elas têm para a preservação de recursos naturais vitais e dos serviços ecossistêmicos que elas proporcionam. Assim, também há reduzida pressão pública em prol de uma melhor estrutura financeira, pessoal e material das áreas de conservação.
e) A administração do sistema SNUC e das unidades de conservação a ele ligadas não é eficiente o bastante. Como em muitos setores da administração brasileira, a implementação de uma gestão focada em objetivos e resultados ainda se encontra incipiente.
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