Com a elaboração do documento de OEM, o Ministério resolveu, para que este se efetivasse, tomar compromisso de suas Unidades e Vinculadas, nos moldes dos "Contratos de Gestão", dos objetivos, indicadores e metas que serão buscados ao longo do período abrangido, ou seja 2008/2011.
Sob a coordenação do Departamento de Gestão Estratégica - DGE, foram, então, elaborados os Acordos de Gestão baseados nas atividades reputadas prioritárias na área de atuação de cada Secretaria e Vinculada, expressas em termos de Atividades, Produtos e Metas, inicialmente para 2008.
Assim, os Acordos de Gestão, com vigência até 31 de dezembro de 2010, têm por objetivo o estabelecimento de metas de resultados de gestão das Secretarias e Vinculadas, bem como lhes assegurar autonomia administrativa e financeira, no grau conveniente ao exercício de suas atribuições institucionais, de forma a contribuir para a execução das competências do Ministério, alinhadas com as suas Orientações Estratégicas.
Acordo de Gestão da Secretaria de Biodiversidade e Florestas - SBF
Acordo de Gestão da Secretaria de Articulação Institucional e Cidadania Ambiental - SAIC
Acordo de Gestão da Secretaria de Extrativismo e Desenvolvimento Rural Sustentável - SEDR
Acordo de Gestão da Secretaria de Mudanças Climáticas e Qualidade Ambiental - SMCQ
Acordo de Gestão da Secretaria de Recursos Hídricos e Ambiente Urbano - SRHU
Acordo de Gestão do Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade - ICMBio
Acordo de Gestão do Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro - JBRJ