Embora a distribuição geográfica dos ambientes aquáticos não seja uniforme, eles estão presentes em todos os biomas brasileiros. Além disso, são diversos os interesses pelo uso da biodiversidade aquática ou dos recursos hídricos, cuja quantidade e qualidade são fundamentais para a manutenção da dinâmica destes ecossistemas.
A água é a base da vida conferindo um valor intrínseco aos ambientes aquáticos. Assim, as diretrizes, ações e políticas devem ser transversais não apenas geograficamente , mas setorialmente.
Dentre as ações em execução, destacam-se aquelas de coordenação da implementação da Convenção de Zonas Úmidas de Importância Internacional - Convenção de Ramsar; a de atualização da Áreas Prioritárias para a Conservação da Zona Costeira e Marinha, as de conservação de espécies ameaçadas de extinção, o controle de espécies exóticas e as ações integradas de conservação e uso sustentável dos recursos pesqueiros.
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