Ao longo dos anos, com a ampliação das relações bilaterais em matéria ambiental, a prioridade da Alemanha tem recaído sobre projetos de conservação e preservação das florestas tropicais, através de contribuições financeiras não-reembolsáveis de sua agência financeira governamental KFW, bem como de cooperação técnica prestada por sua agência de cooperação técnica GTZ. Além dessas duas instituições, outras agências executam as diretrizes e orientações programáticas do governo alemão, como DED e InWent.
A Região Amazônica é alvo prioritário da cooperação para as florestas tropicais, o que se verifica no apoio alemão a ações do MMA, Serviço Florestal Brasileiro (SFB) e Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio) na região, especialmente no âmbito do Projeto de Cooperação Técnica 2007-2009 e de contribuições financeiras ao Programa Áreas Protegidas da Amazônia (ARPA).
Como parte da diversificação da cooperação entre os dois países, foi anunciado em 2009, pelo governo alemão, apoio financeiro ao Fundo Amazônia, destinado a captar doações para investimentos não-reembolsáveis em ações de prevenção, monitoramento e combate ao desmatamento, e de promoção da conservação e do uso sustentável das florestas no bioma amazônico. Por sua vez, a Mata Atlântica continua contando com renovadas iniciativas de conservação, agora no âmbito do Programa Mata Atlântica, elaborado e coordenado pelo MMA.
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