A ação do homem no meio gera uma série de modificações no ambiente natural. Dentre as consequências das atividades humanas no meio ambiente pode-se citar a fragmentação das áreas naturais e as drásticas modificações provocadas pelos diferentes usos da terra estabelecidos nos espaços entre os fragmentos naturais remanescentes. A paisagem resultante deste processo compromete a conectividade entre as áreas naturais restantes, dificultando a trânsito das populações de diversas espécies, gerando obstáculos para as atividades vitais, como reprodução e alimentação, resultando na extinção de espécies e de sistemas naturais. Os instrumentos de gestão territorial são alternativas para compatibilizar a ocupação humana com a conservação da biodiversidade. Eles visam garantir a sobrevivência e a efetividade das áreas naturais protegidas em consonância com as atividades humanas, por meio de ações no território, envolvendo as UC e seu entorno, outras áreas protegidas e as áreas modificadas pela ação do homem estabelecidas entre elas. Esses instrumentos, quando aplicados no contexto regional, fortalecem a gestão das áreas protegidas, ordenam o território e compatibilizam a presença da biodiversidade, a valorização da sociobiodiversidade e as práticas de desenvolvimento sustentável.
Com a criação da Lei do SNUC, foram disponibilizados aos órgão gestores três instrumentos de gestão territorial:
Há ainda outros instrumentos de gestão de áreas protegidas:
Em relação à gestão de Unidades de Conservação, o principal instrumento é o:
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