A plena implantação dessa metodologia enfrentará desafios como:
a) Distribuir indicadores selecionados no modelo PER (Pressão-Estado-Resposta);
b) Estabelecer uma periodicidade para atualização/divulgação dos indicadores, guardadas as devidas particularidades de cada um;
c) Ampliar o escopo dos indicadores do âmbito federal para o estadual, envolvendo, entre outros órgãos oficiais, os Órgãos Estaduais de Meio Ambiente (OEMA's), visando o intercâmbio de informações de acordo com os preceitos do SISNAMA (Sistema Nacional de Meio Ambiente), e em acordo com o SINIMA (Sistema Nacional de Informação sobre Meio Ambiente) e a Política de Informação do Ministério do Meio Ambiente (MMA);
d) Institucionalizar, pelos instrumentos legais apropriados, os compromissos de apresentação de atualização dos indicadores pelos órgãos e entidades envolvidos.
Cabe ressaltar que o êxito da implementação do conjunto de indicadores depende de constantes reavaliações, ajustes e melhorias da metodologia utilizada.