Ao longo de sua história, o FNMA fomentou mais de 1.440 projetos, com investimentos da ordem de R$ 270 milhões de reais, provenientes do Tesouro Nacional, de contrato de empréstimo com o Banco Interamericano de Desenvolvimento (BID), de acordos internacionais, a exemplo do Projeto de Cooperação Técnica Brasil-Holanda, e de doações no âmbito do Programa Piloto para Proteção das Florestas Tropicais (PPG-7).
Os recursos do FNMA atualmente decorrem da arrecadação de multas pelo Ibama e ICMBio, como definido no Art. 73 da Lei de Crimes Ambientais (Lei no 9.605/1998).
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