Antes da Operação Isaías, Ibama, Ministério do Meio Ambiente e Polícia Federal já haviam realizado, desde 2003, nove grandes operações conjuntas para desarticular quadrilhas especializadas em crimes ambientais e grilagem de terras públicas. Elas foram: Setembro Negro (Rondônia - 2003), Curupira I e Curupira II ( (Mato Grosso e Rondônia - 2005), Ouro Verde (Pará, Rondônia, Mato Grosso, Tocantins, Goiás, Maranhão e Rio Grande do Norte - 2005), Rio Pardo (Mato Grosso - 2005), Terra Limpa ( Rondônia - 2005), Trinca Ferro (São Paulo, Minas Gerais, Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Norte - 2005), Terra do Meio (Pará - 2006), Novo Empate (Acre e Rondônia - 2006).
Um dos resultados dessa parceria é a prisão de 271 envolvidos, sendo 78 deles servidores públicos, até a operação novo Empate. Cerca de mil empresas fantasmas foram identificadas. Aproximadamente 600 mil m³ de madeira em toras foram apreendidos, assim como veícuclos pesados e equipamentos. Houve a emissão de aproximadamente R$ 2,1 bilhões em multas e a emissão de ATPFs reduziu em mais de 65%, graças à moralização do processo de aprovação dos Planos de Manejo Florestal (PMFS). Afinal, foram suspensas as aprovações de PMFS sem a devida documentação fundiária. Até 2003, esses planos eram aprovados com base em documentos precários do Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária (Incra) e dos órgãos fundiários estaduais.
Após as primeiras operações, as quadrilhas desenvolveram novas formas de atuação. As operações Ouro Verde e Novo Empate desarticularam esses novos esquemas irregulares. Todas essas iniciativas da PF, Ibama e Ministério do Meio Ambiente integram o Plano de Ação para a Prevenção e Controle do Desmatamento na Amazônia. Ao todo, foram realizadas na Amazônia mais de 100 operações de fiscalização nos diferentes estados.
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