Segundo o art. 3º da Portaria MMA nº 416, de 3 de novembro de 2010, são atribuições da CFCA:
I - estabelecer prioridades e diretrizes para aplicação da compensação ambiental federal;
II - avaliar e auditar, periodicamente, a metodologia e os procedimentos de cálculo da compensação ambiental;
III - propor diretrizes necessárias para agilizar a regularização fundiária das unidades de conservação;
IV - estabelecer diretrizes para elaboração e implantação dos planos de manejo das unidades de conservação;
V - deliberar, na sua esfera de competência, sob forma de resoluções, proposições e recomendações, visando o cumprimento da legislação ambiental referente à compensação ambiental federal; e
VI - elaborar seu regimento interno.