O Sigma foi instituído no Ministério do Meio Ambiente pela Portaria nº 164, de 11 de julho de 2000, que foi revogada pela Portaria nº 405, de 29 de outubro de 2001. A assinatura da Portaria nº 312, de 06 de agosto de 2003, que revogou a anterior, confirmou definitivamente a obrigatoriedade da utilização deste instrumento gerencial no âmbito do MMA.
Embora tenha sido concebido para atender às demandas dos Programas e Projetos financiados com recursos externos, as funcionalidades do Sigma também se aplicam ao gerenciamento de projetos inteiramente financiados com recursos nacionais.
